Kengo Nagashima

%stab 4.0.1 + %stabcox 2.0.0

%stab 4.0.1: 背景因子の集計を Excel 出力する SAS マクロ

SAS データセットの変数、および変数タイプを指定するだけで、いわゆる Table 1 を Excel ファイル形式で (一応) 出力できるマクロです。

%stabcox 2.0.0: Cox 回帰による単変量・多変量解析の結果を Excel 出力する SAS マクロ

SAS データセットと変数、および変数タイプを指定するだけで、単変量と多変量の Cox 回帰の結果をまとめて Excel ファイル形式で (一応) 出力できるマクロです。

2つのマクロを用いると、以下のようなファイルが出力できます。

本マクロは出力エンジンとして ods tagsets.excelxp という方式を使っており、厳密に言えば Excel ファイルではないファイルが生成されます。 そのため、出力したファイルを開こうとすると「ファイル形式と拡張子が一致しません。ファイルが破損しているか、安全ではない可能性があります。・・（以下略）・・。[はい] [いいえ]」と表示されます。 ここで [はい] を選択すると、微妙に Excel 形式ではないファイルを自動で強制変換してくれて Excel ファイルとして普通に開くことができます。 後で参照するときに便利なので、[はい] で開いて強制変換したものを xlsx 形式などで保存しておくとよいでしょう。

stab1

既知の問題点 & 改良予定

  1. おそらく未知のバグがあると思われます。発見した方はお手数ですが、メールいただけると幸いです。

不具合や質問につきましては、メールにてご連絡いただけると助かります。

マクロの概説 (%stab)

ダウンロードファイル中の事例 (stab_example.sas) を見ると概ね使い方がわかると思いますが、簡単に説明を書きます。
マクロは %tableInit(), %tableMake(), %tableOut() という集計結果をデータセット出力するパートと、それをまとめて Excel に吐き出す %outputInit(), %outputMake(), %outputOut() というパートに分かれています。%outputInit(), %outputMake(), %outputOut() は %stab と %stabcox で共通なので、最後にまとめて書いています。
事例では、3つの背景因子集計の表を作成し、一つの Excel ファイルに出力する処理が書かれています。

%tableInit(), %tableMake(), %tableOut()

%let data   = test;         /* 入力データセット名 */
%let out    = out1;         /* 出力データセット名 */
%let group  = trt;          /* 群変数 */
%let pvalue = 1;            /* P値の出力 (0: 出力しない, 1: 出力する) */
%let color  = 1;            /* 色装飾の有無 (0: なし, 1: あり) */
%tableInit();
%tableMake(cont, age, "Age (continuous)", round = 0.1);
%tableMake(ordr, age, "Age (ordinal)", round = 0.1);
%tableMake(cont, height, "Height (continuous)", round = 0.01);
%tableMake(disc, sex, "Sex  ―  No. (%)");
%tableMake(disc, fhist, "Familial history  ―   No. (%)");
%tableMake(disc, tfhist, "Familial history  ―   No. (%)");
%tableMake(disc, hist, "Previous history  ―  No. (%)");
%tableMake(disc, comp, "Complication  ―  No. (%)");
%tableMake(disc, comp, "Complication (with missing)  ―  No. (%)", missing = 1);
%tableOut();

表ごとに %let で始まるグローバル変数の設定処理が必要です。 入力データセット名 (data)、出力データセット名 (out)、群変数 (group)、P値の出力の有無 (pvalue)、色装飾の有無 (color)を指定します。 群変数をブランクにしておくと、群なしでデータセット全体の結果を出力します (P値は計算しません)。 色装飾ありにすると、変数毎に白とグレーで縞模様になるように背景色をつける処理をします。

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次は、%tableInit() で、その他の表の設定を行います。 設定可能な項目は以下の通りです。 

%tableInit(
  nprint = 1, footer = 1, font = "Times New Roman", fontsize = 3,
  hlabel = "Characteristic", slabel = "Study population"
);

nprint - サンプルサイズ (データ行数) の出力
  0: 出力しない
  1: 出力する (default)
footer - 作成日時の出力
  0: 出力しない
  1: 出力する (default)
font - 出力フォント名 (SASで指定可能なフォント名を入力)
  "Times New Roman": (default)
fontsize - 出力フォントサイズ
hlabel - ラベル制御
  "Characteristic": (default)
slabel - 単群の場合のラベル制御
  "Study population": (default)

次は、%tableMake() で、変数毎に設定を行います。 連続変数 (type = cont / ordr) については、数値データが入っている必要があります (平均・標準偏差を集計する cont と、中央値・範囲などを集計する ordr に対応しています)。 離散変数 (type = disc) については、テキストデータでも、コーディングしてフォーマットがあたったデータでも、どちらでもきれいに集計表にできます。 項目は以下の通りです。 

%tableMake(
  type, var, label, round = 0.1, exact = 1, missing = 0, weight = 0
);

type - 変数の型を指定
  cont: 連続変数 (平均と標準偏差を集計, Welch型のt検定 or ANOVAを使用)
  ordr: 順序変数 (中央値と範囲を集計, Wilcoxon検定 or Kruskal-Wallis検定を使用)
  disc: 離散変数 (頻度と割合を集計, 検定は後述)
var - 解析する変数を指定
label - 表示ラベルを指定
round - 連続変数または順序変数の数値丸めのオプション
exact - 離散変数の検定について
  0: 期待セル度数が5未満のセルがある場合にFisher's exact test
     そうでない場合にカイ二乗検定を使用
  1: Fisher's exact testを使用 (default)
missing - 離散変数の集計において欠測を表示するか否か
  0: 表示しない (default)
  1: 表示する
weight - 重み変数 (通常は使用しない)

変数がたくさんある場合は、続けて %tableMake() を複数行に渡って書きます。

最後は %tableOut() で終わります。引数は特にありません。 

%tableOut();

※引数はありません。

マクロの概説 (%stabcox)

こちらもダウンロードファイル中の事例 (stab_example.sas) を見ると概ね使い方がわかると思いますが、簡単に説明を書きます。
また同様に、マクロは %phregInit(), %phregMake(), %phregOut() という集計結果をデータセット出力するパートと、それをまとめて Excel に吐き出す %outputInit(), %outputMake(), %outputOut() というパートに分かれています。
事例では、2つの説明変数 (離散型と連続型) があるデータについて単変量と多変量の Cox 回帰モデルを当てはめた結果の表を作成し、Excel ファイルに出力する処理が書かれています。

%phregInit(), %phregMake(), %phregOut()

%let data   = testcox;      /* 入力データセット名 */
%let out    = out4;         /* 出力データセット名 */
%let time   = time;         /* 時間変数 */
%let event  = event;        /* イベント変数 */
%let censorvalue = 0;       /* 打ち切り値 */
%let color  = 1;            /* 色装飾の有無 (0: なし, 1: あり) */
%phregInit();
%phregMake(group, "Treatment");
%phregMake(marker, "Biomarker", aclass = 0);
%phregOut();

基本的に %stab() と同様ですが。 入力データセット名 (data)、出力データセット名 (out)、時間変数 (time)、イベント変数 (event)、打ち切りの値 (censorvalue)、色装飾の有無 (color)を指定します。 色装飾ありにすると、変数毎に白とグレーで縞模様になるように背景色をつける処理をします。

次は、%phregInit() と書きますが、マクロの構造上の問題で %tableInit() のような設定項目がありません。 その他の表の設定は一番最後の %phregOut() で指定できます。 

%phregInit();

※引数はありません。

次は、%phregMake() で、変数毎の設定を行います。 変数名とラベルを指定し、aclass で離散 (class) 変数かどうかを設定できます。 項目は以下の通りです。 

%phregMake(
  avar, label, aclass = 1
);

avar - 解析する変数を指定
label - 表示ラベルを指定
aclass - class 変数かどうかを指定
  0: 連続変数
  1: 離散 (class) 変数 (default)

変数がたくさんある場合は、続けて %phregMake() を複数行に渡って書きます。

最後は %tableOut() で終わります。 一部の解析手法に関する設定と、その他の表の設定が指定できます。 

%phregOut(
  firth = 0, eventcode = 0, nprint = 1, footer = 1, 
  font = "Times New Roman", fontsize = 3
);

firth - Firth のバイアス補正法を使用するかどうか
  0: 使用しない (default)
  1: 使用する
eventcode - 競合リスクイベントのコード
  0: 競合リスクなし (default)
  0以外: 指定したコードを競合リスクイベントとして解析
nprint - サンプルサイズ (データ行数) の出力
  0: 出力しない
  1: 出力する (default)
footer - 作成日時の出力
  0: 出力しない
  1: 出力する (default)
font - 出力フォント名 (SASで指定可能なフォント名を入力)
  "Times New Roman": (default)
fontsize - 出力フォントサイズ

マクロの概説 (%stab と %stabcox 共通)

%outputInit(), %outputMake(), %outputOut()

こちらはあまり設定する項目が無いですが、以下のような形式で %outputInit(), %outputMake(), %outputOut() を使用して生成したデータセットを指定します。 %stab と %stabcox 共通の出力用マクロです。 

%outputInit("&Path.stab_example.xls");
%outputMake(out1, "Table1", "Table 1: Patient characteristics");
%outputMake(out2, "Table2", "Table 2: Patient characteristics (no group, no p-value)");
%outputMake(out3, "Table3", "Table 3: Patient characteristics (no p-value, no color)");
%outputMake(out4, "Table4", "Table 4: Univariate and multivariate analyses for OS with Cox regression models", cox = 1);
%outputOut();

以下は各マクロの引数説明です。 

%outputInit(
  file
);

file - 出力するファイル名
  必要に応じてパスから指定します
  拡張子は ".xls" を必ず指定すること。

%outputMake(
  out, sheet, title, abscolwidth="40,7,7,7,7,7,7,7,7,7,7,7,7,7,7,7,7,7", cox = 0
);

out - 出力したいデータセット名
  %tableInit() & %tableMake() を使用して生成したデータセット
sheet - 出力シート名
  Excel のシート名の制限に引っかかるものはエラーがでますのでご注意ください
title - 表のタイトル
  一行目に出力する表タイトルの内容を指定します
abscolwidth - 
  Excel 上の列幅をカンマ区切りで指定します (大体はデフォルトのままで大丈夫です)
cox - Cox 回帰のテーブル用に abscolwidth を調整するかどうかを指定します
  0: 調整しない (default)
  1: 調整する (Cox 回帰のときは指定を推奨)

%outputOut();

※引数はありません。

バージョン履歴

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